最近几年来，交叉学科建设遭到党和国家的高度重视。“但是，对建设甚么样的交叉学科，怎样建设交叉学科，交叉学科的战略布局、发展目标、建设思路、学科范围、体制机制及评价方式等，目前都未能给予清晰的论述。”全国人大代表、中国科学院院士、南京大学校长吕建表示，交叉学科的建设和发展，亟待将“顶层设计、整体谋划”和“摸着石头过河”相结合。
为此，吕建建议由教育部领衔组织“交叉学科”门类建设战略咨询委员会，制定“交叉学科”门类建设的发展计划和指点意见，为我国交叉学科发展提供顶层指点和规范引领。
1是确立交叉学科建设的整体目标、学科范围和准入机制。围绕国家战略需求，提出交叉学科建设的整体目标、战略布局和发展步骤；逐渐确立交叉学科门类所包括的学科领域，划定交叉学科与原有学科的边界；明确交叉学科的准入门坎和准入机制，规范交叉学科的增设和遴选。
2是编订交叉学科人材培养方案。明确交叉学科人材培养的目标、内涵和质量标准；做好与相干学科的衔接，规范交叉学科招考制度；加强进程管理和质量控制，重视实践导向，推动交叉学科课程体系和教材建设；避免简单拼盘，构成1套贯通本硕博的交叉学科人材培养体系。
3是破除束缚交叉学科展开科学研究的机制障碍。理顺通道，与自然科学基金委交叉科学部相配合，承接国家战略需求；打破学科壁垒，推动研究模式的转型，探索建立有效的、实质性的跨学科科研合作机制；强化目标导向，围绕关键问题联合展开攻关，充分发挥交叉学科在解决重大科学问题和关键核心技术中的突出作用。
4是推动交叉学科社会服务的新途径。紧密围绕国家战略，以基础研究为根，向创造技术、成果转化延伸拓展，以交叉学科建设探索催生新科技领域和新创新情势；推动交叉学科与产业界的合作，探索交叉学科建设的新情势，推动创新链与产业链有机结合，提升科技成果转化和社会服务能力。
5是建设能进能出、开放活动的交叉学科队伍。建设跨学科的队伍活动机制，探索队伍的跨学科“双聘”情势，构成能进能出的交叉学科队伍；规范交叉学科队伍的职称评聘制度和人材上升通道，建设有益于交叉学科学者成长的制度文化。
6是建立合适于交叉学科建设的评价体系。以评价体系建设指引交叉学科发展。在成果评定、人材培养、教师提升、社会服务、学科贡献等方面，探索建立符合交叉学科特点的有针对性的评价体系。
