LMDB介紹
Caffe使用LMDB來存放訓練/測試用的數據集，以及使用網絡提取出的feature（為了方便，以下還是統稱數據集）。數據集的結構很簡單，就是大量的矩陣/向量數據平鋪開來。數據之間沒有什麼關聯，數據內沒有復雜的對象結構，就是向量和矩陣。既然數據並不復雜，Caffe就選擇了LMDB這個簡單的數據庫來存放數據。
LMDB的全稱是Lightning Memory-Mapped Database，閃電般的內存映射數據庫。它文件結構簡單，一個文件夾，裡面一個數據文件，一個鎖文件。數據隨意複製，隨意傳輸。它的訪問簡單，不需要運行單獨的數據庫管理進程，只要在訪問數據的代碼裡引用LMDB庫，訪問時給文件路徑即可。
圖像數據集歸根究底從圖像文件而來。既然有ImageDataLayer可以直接讀取圖像文件，為什麼還要用數據庫來放數據集，增加讀寫的麻煩呢？我認為，Caffe引入數據庫存放數據集，是為了減少IO開銷。讀取大量小文件的開銷是非常大的，尤其是在機械硬盤上。 LMDB的整個數據庫放在一個文件裡，避免了文件系統尋址的開銷。 LMDB使用內存映射的方式訪問文件，使得文件內尋址的開銷非常小，使用指針運算就能實現。數據庫單文件還能減少數據集複製/傳輸過程的開銷。一個幾萬，幾十萬文件的數據集，不管是直接複製，還是打包再解包，過程都無比漫長而痛苦。 LMDB數據庫只有一個文件，你的介質有多塊，就能複制多快，不會因為文件多而慢如蝸牛。
Datum數據結構
首先需要注意的是，Caffe並不是把向量和矩陣直接放進數據庫的，而是將數據通過caffe.proto裡定義的一個datum類來封裝。數據庫裡放的是一個個的datum序列化成的字符串。 Datum的定義摘錄如下：
所以要使用的話 首先要用pip 下載 lmdb
由於小編已經安裝過了
所以顯示already satisfied
程式碼:
1.從 array 做出 lmdb
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import numpy as np
import lmdb
import caffe
N = 1000
# Let's pretend this is interesting dataX = np.zeros((N, 3, 32, 32), dtype=np.uint8)
print "x shape is :",X.shape[1]
y = np.zeros(N, dtype=np.int64)
print "y shape is :",y.shape
# We need to prepare the database for the size. We'll set it 10 times# greater than what we theoretically need. There is little drawback to# setting this too big. If you still run into problem after raising# this, you might want to try saving fewer entries in a single# transaction.map_size = X.nbytes * 10
print "map_size is:3*32*32*1000*10 --",map_size
env = lmdb.open('mylmdb', map_size=map_size)
with env.begin(write=True) as txn:
# txn is a Transaction object
for i in range(N):
datum = caffe.proto.caffe_pb2.Datum()
#set channels=3
datum.channels = X.shape[1]
#set height =32
datum.height = X.shape[2]
#set width = 32
datum.width = X.shape[3]
datum.data = X[i].tobytes() # or .tostring() if numpy < 1.9
datum.label = int(y[i])
str_id = '{:08}'.format(i)
# The encode is only essential in Python 3
txn.put(str_id.encode('ascii'), datum.SerializeToString())
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產生的資料如下:
2.從lmdb讀取資料:
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import caffe
import lmdb
lmdb_env = lmdb.open('mylmdb')
lmdb_txn = lmdb_env.begin()
lmdb_cursor = lmdb_txn.cursor()
datum = caffe.proto.caffe_pb2.Datum()
i=0
for key, value in lmdb_cursor:
i=i+1
datum.ParseFromString(value)
label = datum.label
data = caffe.io.datum_to_array(datum)
print "This is counter:",i
print "This is data: ",data.shape
print "This is label:",label,"\n"
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運行結果如下:
參考資料:
http://darren1231.pixnet.net/blog/post/328463403-%E5%AD%B8%E6%9C%83%E5%81%9A%E5%87%BA%E8%87%AA%E5%B7%B1%E7%9A%84%E6%95%B8%E6%93%9A%E9%9B%86%28imdb%29--caffe
http://deepdish.io/2015/04/28/creating-lmdb-in-python/
http://rayz0620.github.io/2015/05/25/lmdb_in_caffe/
https://lmdb.readthedocs.io/en/release/
http://stackoverflow.com/questions/33117607/caffe-reading-lmdb-from-python
